dwukrotnie żonaty: 1. Kay Sherman (od 1960, rozwód); 2. <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=407346>Gail Zappa</a> (21.09.1967 - 04.12.1993, do jego śmierci), 4 dzieci: córki <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=58715>Moon Unit</a> (ur. 28.09.1967), <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=101317>Diva</a> (ur. 30.07.1979), synowie <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=146497>Dweezil</a> (ur. 05.09.1969), <a href=http://www.filmweb.pl/Person?id=109798>Ahmet</a> (ur. 15.05.1974)